Folgende Untersuchungsmethoden der aquatischen bzw. terrestrischen Ökologie kommen bei BNGF zur Anwendung:
- Qualitative und quantitative Fischbestandserhebungen durch Elektrofischerei, Stell- und Treibnetzfischerei, Langleinen-, Reusen-, Hamen- und Zugnetzfischerei
- Probennahme zum Schadstoff- und Rückstandsmonitoring
- fischökologische Struktur- und Habitatkartierungen (GNSS-GIS-gestützt)
- Untersuchung der biologischen Qualitätskomponenten, nach Wasserrahmenrichtlinie (WRRL)
- Markierungs-/ Wiederfangexperimente
- Laichplatzkartierungen
- Echolotsurveys
- ADCP Fließgeschwindigkeitsmessungen
- Fischdetektion und -Verhaltensuntersuchungen mit DIDSON (über Partnerbüro)
- Tauchbeprobungen
- Kick-Sampling, Handaufsammlung, quantitative Makro- und Mikrobenthosbeprobungen
- Gewässergüteuntersuchungen (Makro-/Mikrobenthos)
- Sediment-/Substratuntersuchungen mit Bodengreifer und Unterwasserfotographie/Video
- Schwebstoffprobenahmen
- Gewässerstrukturgütekartierungen nach LAWA
- Substratuntersuchungen (Siebkornuntersuchungen)
- Physikalisch-chemische Wasseruntersuchungen
- Wasserpflanzenkartierungen
- Landschaftsbildanalyse
- Kartierung von Großkrebsen und Muscheln
- Kartierung von Säugetieren
- Amphibien- und Reptilienkartierung
- Libellenkartierung